萧乾字思惕，兰陵人。其祖父萧嶷，为齐丞相豫章文献王。父亲萧子范，任梁秘书监。
萧乾仪容典雅举止正派，性情淡泊随和，擅长隶书，受益于叔父萧子云之法。九岁时，召补为国子《周易》生，梁司空袁昂当时为祭酒，很敬赏他。十五岁时，举明经。初任东中郎湘东王法曹参军，迁太子舍人。建安侯萧正立出镇南豫州，又板授录事参军。累迁至中军宣城王中录事谘议参军。侯景乱平，高祖镇守南徐州，荐引萧乾为贞威将军、司空从事中郎。迁中书侍郎、太子家令。
永定元年(557)，任给事黄门侍郎。那时熊昙朗在豫章，周迪在临川，留异在东阳，陈宝应在建、晋一带，互相勾结，闽中豪族首帅，多建寨自保，高祖十分担心，便令萧乾前往，晓谕以逆顺之理，同时探陈书清虚实。萧乾出发前，高祖对他说：“建、晋一带倚恃地势高险，便于为非作歹，方今天下初定，难以马上出兵。西汉初年陆贾出使南越，赵他归顺，萧何奉刘邦之命出使，淮南王黥布叛楚投臣，回想起他们的高风亮节，仿佛就在眼前。何况卿举止典雅，才能比他们高，应尽力建勉功名，不用烦劳军旅。”萧乾到后，晓谕以逆顺之理，所到之处的帅酋都率众打开寨门诚心归附。同年，授任贞威将军、建安太守。
天嘉二年(561)，留异谋反，陈宝应援助他兵士，又资助周迪兵粮，寇掠临川，接着逼攻建安。萧乾独自前往郡城，手下没有士兵，无法守住城池，于是放弃城池以躲避陈宝应。当时闽中守将宰守，都受到陈宝应的胁迫，接受他安排的官职，萧乾独独不接受。避到荒郊野外，不与外人接触。等到陈宝应之乱平定，才出来到都督章昭达那里，昭达听说后写好奏折如实上报朝廷，世祖知道了很是赞许萧乾的这种行为，破格提拔他为五兵尚书。萧乾在光大元年(567)去世，朝廷赠谥号为静子。