马仙鴘字灵馥，扶风..地人。父亲马伯鸾，做到宋朝冠军司马。
马仙鴘小时因果敢而闻名，遇父亲去世，绝食超过了礼节的规定，背土为父亲造坟，亲手种植松柏。马仙鴘从郢州主簿官职做起，后来升迁为武骑常侍，为小将，跟随齐朝安陆王萧缅。萧缅死后，仙鴘事奉明帝。齐永元中，萧遥光、崔慧景发动叛乱，马仙鴘多次立下战功，因功做到前将军。后出任龙骧将军、南汝阴、谯二郡太守。恰逢寿阳刚刚陷落，魏朝将领王肃侵犯边境，马仙鴘奋力作战，以少胜多，魏人十分害怕他。又因功升迁宁朔将军、豫州刺史。
义师举事，州郡有很多响应义师的，高祖派仙鴘的旧交姚仲宾劝说仙鴘，仙鴘在军中斩姚仲宾首级以示众。义师到达新林时，仙鴘还领兵在江西，每天夺取义师漕运的粮米。建康城陷落，马仙鴘哭了整整一宿，随后便解散部队回去请罪。高祖慰劳他说：“射断钩杆割掉袖口，以前人们都不记恨。你不要因为杀过我的使者截过我的漕米，苟且自己嫌弃自己。”仙鴘答谢说：“我就像失掉了主人的一条狗，后来的主人喂养我，便又为他所用。”高祖笑着赞美他。不久马仙鴘的母亲去世，高祖知道马仙鴘家中清贫，送给仙鴘办丧事的礼钱很多。仙鴘大哭，对他的弟弟仲艾说：“承蒙皇上赦免之恩，未有报答。现在又承受皇上特殊的恩惠，应当与你全身心地报效皇上。”
天监四年(505)，梁朝的军队向北征讨，仙鴘每逢作战，在三军之中表现最为英勇，凡他首当其冲的，没有不被摧破的。与众位将领议事，绝口不提自己的功劳。有人问起原因，仙鴘说：“大丈夫了解时世的话，应当前进不追求功名，后退不逃脱罪责，这是我一生的愿望，有什么功劳可谈论的呢？”高祖授仙鴘辅国将军，宋安、安蛮二郡太守，后又改任南义阳太守。仙鴘多次攻破山蛮，郡境清静安宁。高祖根据马仙鴘的功劳封仙鴘为氵含..县伯，食邑四百户，多次升迁都督司州诸军事、司州刺史，辅国将军仍如从前。不久晋号贞威将军。
魏豫州人白皂生杀掉刺史琅笽王司马庆曾，自号平北将军，推举乡人胡逊为刺史，献悬瓠城来降梁朝。高祖派马仙鴘领兵奔赴悬瓠，又派直..将军武会超、马广率兵作为后援。仙鴘派马广、武会超等人驻守三关。十二月，元英攻破悬瓠，捉拿齐苟儿，进而攻打马广，又攻破马广，生擒马广送往洛阳。马仙鴘不能救马广。武会超等人也相继退散，魏军便进据三关。仙鴘因罪被召回，封为云骑将军。出任仁威司马。府主豫章王转号仙鴘为云麾，又任司马，加封振远将军。
天监十年(511)，朐山百姓杀掉琅笽太守刘日折，将琅笽城拿去降魏，高祖下诏借给仙鴘符节，令仙鴘讨伐琅笽。魏徐州刺史卢昶率大军十多万奔赴琅笽。仙鴘与卢昶作战，多次攻破卢昶，卢昶逃走。仙鴘发兵乘胜追击，魏军兵得以幸免的十分之一、二，收得魏军士兵、粮食、牛马、军器，不计其数。马仙鴘整顿军队返回京师，升迁为太子右卫率，晋爵为侯，增加食邑六百户。天监十一年(512)，改封持节称号，督豫、北豫、霍三州诸军事、信威将军、豫州刺史，兼任南汝阴太守。
起初，马仙鴘小名马仙婢，等到长大，因为“婢”名不雅，于是便用“王”代“女”，便成了“鴘”字。自从任将领到居住州郡，能与士兵同辛劳共安逸。身上穿的不过是粗布衣衫，居住的地方没有蚊帐被子遮挡，行军吃喝与最下层的一样。马仙鴘在边境，常常只身一人偷偷进入敌军间，侦察得知军营的围墙、村落的险要所在，因而作战多能取胜，士兵也心甘情愿为他所用，高祖平素喜欢倚仗他。马仙鴘任刺史四年，去世。诏赠左卫将军，谥号刚。马仙鴘的儿子马严夫继承。