刘季连字惠续，彭城人。父名思考，因是宋高祖族弟之故在宋朝显达，做到金紫光禄大夫。
刘季连有好名声，早年历任清官。齐高帝即位，尽杀与宋王室关系密切的亲属，将及刘季连等人，太宰褚渊平素十分喜欢刘季连，坚决请求高帝赦免了他。
齐建元中，刘季连任尚书左丞。永明初(483)，出任平西江夏内史，多次迁任平南长沙内史、冠军长史、广陵太守，并代理府州事。内调给事黄门侍郎，转任太子中庶子。齐建武中，又出任平西萧遥欣长史、南郡太守。当时齐明帝的儿子都年幼力弱，内亲则依仗萧遥欣兄弟，外亲依赖后弟刘暄、内弟江礻石。萧遥欣镇守江陵，对他寄予了厚望；而萧遥欣到州郡，广招宾客，给他们封官，培植自己的势力，齐明帝十分讨厌他。刘季连同族外甥琅笽王会任萧遥欣咨议参军，容貌漂亮，很有舌辩之才，萧遥欣对他很优待。王会十分倨傲，目中无人，在大众场合与萧遥欣争相侮辱刘季连，刘季连憎恨他们，于是秘密上表明帝，称萧遥欣有不轨之图，明帝接受了刘季连的意见，便让萧遥欣任雍州刺史。明帝心中感激刘季连，建武四年(497)，任命刘季连为辅国将军、益州刺史，令他占据萧遥欣上游。刘季连的父亲宋朝时任益州刺史，贪婪庸俗无政绩，益州人因为讲究义气的缘故，待刘季连很好。刘季连到任后，慰问昔日长老，安抚接纳新官旧吏，看见父亲时代的旧官吏，都对他们流泪。征召遂宁人袭惬任府主簿。袭惬，袭颖的孙子，世代有学问，有德行，因而荐举他。
东昏即位，永元元年(499)，征召刘季连为右卫将军，因道路中断而未能到任。刘季连听说东昏丧失德行，京都多变故，便有些骄傲自满。刘季连本以文官知名，性格多疑而偏狭，现在更加刚愎自用，凶狠残暴，当地人开始心怀怨恨。这年九月，刘季连因聚会，征发五千人丁，声言讲习武事，便派中兵参军宋买率领袭击中水。穰人李托预先知道了这件事，设防坚守在险要之地，宋买同他作战十分不利，领军返回州郡，许多郡县发动了叛乱。这月，新城人赵续伯杀掉五城县令，驱逐始平太守。十月，晋原人乐宝称、李难当杀晋原太守，乐宝称自号南秦州刺史，李难当自号益州刺史。十二月，刘季连遣参军崔茂祖率兵二千讨伐他们，携带三天的粮食。恰逢这一年十分寒冷，群贼聚在一起，砍伐树木堵塞道路，士兵得不到水火，大败而归，死的人十分之七八。第二年正月，新城人帛养驱逐遂宁太守谯希渊。三月，巴西人雍道..率一万多贼众进逼卫西，离郡数里，雍道..自称镇西将军，建号建义。巴西太守鲁休烈与涪县令李膺据城自守，刘季连派中兵参军李奉伯率兵五千解围。李奉伯到达，与巴西郡兵打败捉拿雍道..，在涪县斩杀了雍道..。李奉伯于是单独领兵进入巴西的东乡讨伐其余的贼匪。李膺劝止奉伯说：“士兵懈怠将领自负，乘胜追击如同履险，不是好的计策。不如稍缓，再考虑后计。”李奉伯不听，率全军入山，大败而出，于是奔逃回州郡。六月，江阳人程延期谋反，杀太守何法藏。鲁休烈害怕不能自保，奔投巴东相萧慧训。十月，巴东人赵续伯又谋反，有兵二万，从广汉出发，乘着佛教兴盛，用五彩裹着青石，欺骗百姓说：“天赐予我玉印，应当在蜀称王。”愚民跟随他的人很多。刘季连进军讨伐赵续伯，派长史赵越常作前锋。赵越常兵败，刘季连又派李奉伯从涪路进军讨伐。李奉伯另外的军队从潺亭出发与大军在城会合，进攻其栅栏，大败赵续伯。
时有会稽人石文安，字守休，隐居在乡里，注重礼节谦让，替代刘季连任尚书左丞，外任江夏内史，又替代刘季连内任御史中丞，同刘季连的关系很好。石文安的儿子石仲渊字钦回，听到义师起兵的消息，率领乡人响应高祖。天监初(502)，授职石仲渊郢州别驾，跟随高祖平定京师。
第二年春天，高祖派部下陈建孙送刘季连的弟弟通直郎刘子渊和刘季连的两个儿子到蜀，晓谕高祖旨意以示慰劳。刘季连受命，整理返回的行装。高祖用西部将领邓元起任益州刺史。邓元起，南郡人。刘季连任南郡郡守时，平素十分轻视邓元起。典..朱道琛曾经是刘季连府都录，是一无赖小人，犯了罪，刘季连准备杀他，朱道琛叛逃而免去一死。现今朱道琛劝说邓元起：“益州发生动乱历时已久，公私府库一定很多耗失，刘益州临走一定使府库空竭，难道这样治理还能再远派侦察兵吗？我请求先去检校，沿路奉迎，不然的话，万里之外的物资粮食，未必容易得到。”邓元起答应了。朱道琛不久到达，出言不逊，又多次拜访府州人士，看见器皿物件就夺过来据为己有，有没有得到的东西，就说：“应当属于别人的东西，何必舍不得呢？”于是军府人士十分害怕，认为邓元起来了一定会杀刘季连，灾难必殃及党羽，争着将这件事告诉刘季连。刘季连也认为会这样，又惭愧自己从前对邓元起不礼貌，于是更加愤懑。司马朱士略说服刘季连，请求担任巴西郡守，留下三个儿子作人质，刘季连答应了这件事。不久，刘季连就召集佐史，假托齐宣德皇后令，聚兵再次造反，将朱道琛杀掉。写信告之朱士略，兼召集李膺。李膺、朱士略一同不接受命令。使者回来，邓元起收兵在巴西接待之，刘季连杀掉朱士略的三个儿子。
天监元年(502)六月，邓元起到巴西，刘季连派他的将领李奉伯等人抗战。两兵相交，互有得失，过了一段时间，李奉伯便败退回成都。刘季连驱逐疆界上居住的人，关闭城门固守。邓元起稍进包围刘季连。这年冬天，刘季连城局参军江希之等人计谋举城投降，没有成功，刘季连杀了江希之。蜀中发生动乱已经二年，城中储存的粮食已经吃完，每升米需钱三千，也买不到，饿死的人互相枕藉。那些没有亲友党羽的人又被杀掉、吃肉。刘季连一连几月吃粥，饥饿窘迫没有办法。天监二年(503)正月，高祖派主书赵景悦宣诏纳降刘季连，刘季连去衣露体惶恐请罪。邓元起贬谪刘季连到城外，不久又拜访他，很礼貌地对待他。刘季连感谢说：“早知是这样，哪里会有前一段时间的事。”邓元起杀掉李奉伯及其他大将，送刘季连回到京都。刘季连准备出发，没有人去看他，只有龚惬一人去送他。
起初，邓元起在治理中，担心事情不成功，没有可赏赐的东西，士兵中表现好的，都许愿给他们升官，于是接受别驾、治中文书的人，近二千人。
刘季连已经回到京师，到朝廷谢罪，高祖接见了他。刘季连从东掖门进入，数步一跪拜，直到高祖跟前。高祖笑着对他说：“你想仰慕刘备却竟不及公孙述，难道没有卧龙这样的大臣吗？”刘季连再次跪拜谢罪。被赦免为庶人。天监四年(505)正月，从建阳门出来，被蜀人兰道恭杀害。刘季连在蜀时，杀过兰道恭的父亲，兰道恭出逃，至今为父报了仇。