简文皇帝名昱，字道万，是元帝的小儿子。他幼年时就很聪明，得到元帝的钟爱。郭璞见到他，对人说：“振兴晋室的，一定是这个人。”司马昱长大后，清虚寡欲，尤其擅长谈玄。
永昌元年，元帝下诏说：“先公武王、先考恭王统治琅邪。父子世代相承，现在嗣位的人还没有立祭祀没有主持，朕常常为此伤心。儿子司马昱仁厚贤明，有智谋气度，可以恭敬地侍奉祖宗，用以慰藉祖宗无尽的恩德。封司马昱为琅邪王，食邑依然是会稽、宣城。”
咸和元年，司马昱的生母郑夫人去世。简文帝当时年仅七岁，哭祭生母都哭出了血，坚决请求穿重丧孝服。成帝可怜他，答应了他的请求，因而改封为会稽王，援散骑常侍。九年，升右将军，加授侍中。咸康六年，进升抚军将军，兼领秘书监。
建元元年夏五月癸丑，康帝下诏说：“太常觉得敬奉天地，兼管宗庙，它的职责可以说很大。所以古往今来挑选作用，都选择有声望，兼为博学的儒士。会稽王崇尚清虚，孜孜不倦立志求道，在高官要位上从容不迫，讽议朝野，就让会稽王兼领太常，原有的官职不变。”永和元年，崇德太后临朝，司马昱进升为抚军大将军、录尚书六条事。二年，骠骑何充死了，崇德太后下诏帝让简文帝专权处理国家事务。八年，进升司徒，司马昱坚决推辞不受。穆帝开始行冠礼时，简文帝要求归还国政，穆帝不答应。废帝即位后，因为琅邪王没有继承人，又改封简文帝为琅邪王，封他的儿子司马明为会为会稽王。简文帝极力推辞，所以虽封琅邪王却不除去会稽王的封号。太和元年，进升丞相、录尚书事，入朝时不需趋步上前，参拜时不必称名，可以佩剑穿鞋上殿，供给他六十名羽葆鼓吹班剑仪仗队，简文帝又极力推让。到了废帝被废黜后，皇太后下诏说：“丞相、录尚书、会稽王是中宗之后，德性美好，高尚后美崇尚清虚，神妙表现在处事之外。以辅佐重臣的地位，所以辅导三代帝王主持国政。道德教化流布，众望所归，日子已经很久了。应该顺从天意民心，来即帝位。主管的人明确依从当时典章，按时施行”于是大司马桓温率百官进入太极前殿，准备好皇帝乘车，到会稽王的官邸去迎接简文帝，在朝堂上改换服装，穿戴着平巾帻和单衣，向东方下拜接受玺绶。
咸安元年冬十一月己酉，司马昱即皇帝位。桓温出宫驻留在中堂，命令军队驻守，乙卯，温奏上奏皇帝请求废黜太宰、武陵王司马晞和他的儿子司马总。皇帝诏令魏郡太守毛安之帅领他的军队在殿内值宿警卫，改元为咸安。辛亥日，桓温派弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到西堂去，逼他说和太宰、武陵王司马晞等人谋反。皇帝对着司马晃流着眼泪，桓温把司马晃等人抓起来交付廷尉发落。癸丑日，杀了东海王的两个儿子和他们的母亲。当初，皇帝淡泊清虚简傲高贵，历任三朝宰相，桓温平素敬仰害怕他。到了皇帝接见了桓温，对着他悲伤地哭泣，桓温怕得说不出话。到了这个时候，一些官吏秉承桓温的旨意，上奏请求诛杀武陵王司马晞，皇帝不答应。桓温再三地坚持，皇帝亲自下诏书回答说：“如果晋室国长久，明公就应该奉行前诏。如果晋室大运已去，那么请让我给圣贤的人让路。”桓温看了，吓得一身冷汗，脸色也变了，便不复再说。乙卯日，废黜司马晞和他的三个儿子，流放到新安。丙辰日，把新蔡王司马晁流放到衡阳。戊午日，下诏说：“王室多难，穆帝、哀帝过早离开人世，皇统早有变更，帝位没有主人。东海王是皇帝母弟这样亲近的亲属，入朝继承大统，继掌这位多年，昏暗远道，扰乱朝纲，人伦败坏，大祸将要降临，我祖宗的神灵不知寄托何处。皇太后深为皇室基业担忧，及时定下大计。大司马遵循天人意志，协同神明大略，亲自率领王公们，恭敬地承受圣明之命。云雾既已扫除，皇室得以清明，就顾念于朕，继承弘大功业。即使是伊尹安定殷朝，博陆安定汉室，也无法超过。朕以寡薄德行，暂居皇位，实在担心眼光狭隘，不能担负起重任，战战兢兢，不知如何成功。思念和千万百姓更新天下，朕决定大赦天下，百姓大宴五天，文武官员品秩增加二等，赏赐孝顺忠贞的人和老弱病残，没有人养的，每人五斛大米。”己未日，赏赐桓温三万军人，每人一匹布，米一斛。庚申日，加授大司马桓温为丞相，桓温不接受。辛酉日，桓温从白石回来，镇守姑孰。任命冠军将军毛武生都督荆州的沔中、扬州的义城诸军事。十二月戊子，皇帝下诏书，因为京都的物资储备很多，权且停止一年的运送。庚寅日，废黜东海王司马奕为海西公，食邑为四千户。辛卯日，第一次在太庙进献渌酒。
二年春正月辛丑，百济、林邑王各自派使者来进贡地方土特产。二月，苻坚到辽东攻打慕容桓，消灭了幕容桓。三月丁酉，下诏说：“朕处在宰相的位置上经历了三朝，不能够使时世太平，而海西公更新丧失了德行，差一点倾覆了皇室江山，仰赖着祖宗神灵的恩德，皇太后美德顺应天运，辅弼的忠贤百官全力，因而能够在苍天扫尽荡气，在宇宙照耀着朝阳的光辉。于是托残躯在王公之上，思念着依赖贤臣们，用以矫正朕的过失。振本自末，遏制浮华豪奢，使得清渴分开，胜任的和不胜任的有别，官吏没有不好的政事，士人没有非议，如果没有责罚和资历，那么道德礼仪怎么施行？而且，强大的敌人还没有消灭，劳役还没有停息，除非是军事国政战争祭祀这些要务，那些华美的修饰、繁杂的费用都减省掉。隐退于幽谷里的贤才，随俗沉浮的士人，即使坚持天一样高的志节，隐居于幽深的山谷，想要以高尚的道义，以振兴协同的美誉，哪里比得上自满于山水之间，隐遁在深山幽谷，遵循着匹夫的高洁，却忘记了兼济天下的大义呢？古人不习藉前代贤人，朕因而也对今日怀有虚想。内外百官，各自勤勉地务政，使得善事无不传布，恶事无不上报，让诗人没有素餐那样的讽刺，我也得到虚心访求之名。”癸丑日，下诏说：“我继承祖宗的大基业，但是不善于治理国政，害怕不能治理好上天所赋予的事业，振兴祖先的基业，整天担忧，就好像涉过河水一样。全靠辅政大臣们竭尽忠诚，同心合力，内外的大臣们竭尽全力谋划来辅佐，文武百官表现出了不顾自我的节操，希望能长此以往，最终能够普救天下，每当我想到战争还没有停息，国家和人民都疲劳困苦，藩镇有守卫边境的要务，戍守的战士怀有《东山》诗所描述的忧虑，他们有的是在沙场上战斗到老，忠贞劳苦还没有得到奖赏，有的是长久服役，家里却连粮食储备都没有，何尝不是天还没有亮就起床，半夜还顾不上睡觉。我虽然不能够亲自去抚慰和巡视他们，但是我也希望把我的心情传达给他们知道。派遣大使去慰问大司马，并慰问地方长官，到边戍去，宣读诏书，犒劳战士，使他们安心。又按规定赏赐，让他们的全都能知道”乙卯日，下诏说：“在先前的变故之后，各种物品都不充足，官员们平素的俸禄都很菲薄，这是随时而定的做法。但是在朝中减省膳食，俸禄不能代替劳作，这不是通常的制度。现在购物储备日渐非足，可适当增加俸禄。”豫章出现怪兽。夏四月，把海西公调到吴县西柴里。追贬庾后说夫人。六月，派使者去授拜百济王余句为镇东将军，兼领乐浪太守。戊子日，前护军将军庚希领兵谋反，从海陵进入京口，晋陵太守卞眈逃到曲阿。秋七月壬辰，桓温派东海内史周少孙讨庚希，擒获了他，在建康闹市把他杀了。己未日，立会稽王司马昌明为皇太子，皇子司马道子为琅邪王，兼领会稽内史。当天，皇帝在东堂去世，享年五十三岁。安葬在高平陵，庙号太宗。遗诏让桓温辅弼国政，依照诸葛亮、王导故事。
简文帝年轻时有风仪，形貌举止都很好，留心典籍，不把居住环境放在心上，坐席上积满了尘土，他依然高兴。曾经和桓温以及武陵王司马晞同车游览版桥，桓温突然命令擂起鼓，吹号角，车马突然间飞速奔驰，想看看他们二人的表现。司马晞非常惊恐，请求下车，但是简文帝神色镇定，一点儿也不惊慌，恒温因此敬畏他。桓温倚仗他的文武官职，多次立大功，又加上废旧帝立新帝，威震朝廷内外。简文帝虽然处在帝位，但只能拱手沉默、持守常道而已，常常害怕被废黜。先前，灾惑星进入太微，不久海西公就被废黜。到了简文化帝登上帝位时，灾惑星又入太微，简文帝非常憎恶此事。当时中书郎郗超当值，皇帝就把他叫进去，对他说“生命的长短，固然是不加考虑的，所以不应再有前些日子的废立的事情了吧！”郗超说：“大司马桓温正在内部巩固江山，对外筹划非常之事，臣下用全家来担保。”到了郗超请求急速探视父亲，皇帝对他说：“请转达我对令尊的问候，国家的事情，竟然到了这个地步！因为我不能用正道来匡正社稷，羞愧之深，语言怎么能表达得出。”于是咏咏庾阐的诗歌道“志士为朝廷的危急而痛心，忠臣为君主受辱而悲哀”，最后凄然泪下沾湿了衣襟。简文帝虽然风识通达，但是没有救世的远大谋略，所以谢安称他为惠帝之流，只是清谈略强一些而已。和尚支道林曾经说“会稽王有高远的外表却没有高远的神”。谢灵运追述他的行事，也认为他是周赧王周献王那样的人物。
孝武皇帝名曜，字昌明，是简文帝司马昱的第三个儿子。
兴宁三年(365)六月十二日，始封为会稽王。
咸安二年(372)秋七月二十八，立为皇太子。这一天，简文帝驾崩，太子即皇帝位。下诏书说：“朕以不幸，忽逢丧事，呼天抢地，不知所诉。年龄幼弱，国势垂危，深深感到社稷之重，忧虑不能担当重任。仰赖祖宗显灵，积德享祀，先帝风俗敦厚古朴，圣明的道德教化，流传在民间。宰辅英明贤德，勋高德重。接受遗命，实赖众人匡正训导。公卿克尽职守，百官勤于政事。希望弱小之君有所寄托，祖先的基业不被坠毁。先祖遗留的恩惠，传播到四海，我想弘扬其余润，使黎民康宁。将大赦天下，与民除旧布新。”九月二十四日，追赠皇母会稽王妃为顺皇后。十月初八，将简文皇帝安葬在高平陵。十一月初五，妖贼卢悚清晨进入朝廷宫殿，游击将军毛安之等人捉住了他。这一年，三吴大旱，许多人饿死，下诏大旱地区赈灾救给。苻坚攻陷仇池，捉住了秦州刺史杨世。
宁康元年(373)正月初一，改用新年号。二月，大司马桓温前来朝拜。三月二十六日，下诏免除丹阳、竹格等四座桥梁的税收。五月，天旱。七月十四，使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书、大司马、扬州牧、平北将军、徐州兖州刺史、南郡公桓温死。二十五日，晋升右将军桓豁为征西将军。以州刺史桓冲为中军将军、都督扬州、豫州、江州诸军事、扬州刺史，镇守姑孰。八月二十七日，崇德太后临朝摄理朝政。九月，符坚的将领杨安侵犯成都。十二日，以尚书仆射王彪之为尚书令，吏部尚书谢安为尚书仆射，吴国内史刁彝为北中郎将、徐州兖州刺史，镇守广陵。重新设置光禄勋、大司农、少府官。十月，西平公张天锡进贡地方物产。十一月，苻坚的将领杨安攻陷梓潼以及梁州、益州，刺史周仲孙带领五千骑兵向南逃跑。宁康二年正月初一，大赦天下。追封从前的会稽王的大儿子司马郁谥号为临川献王。二十七日，北中郎将、徐州、兖州刺史刁彝死。二月初一，以丹阳府尹王坦之为北中郎将、徐兖二州刺史。初五，有彗星在女虚星座出现。三月初五，彗星在氐座出现。四月十一，皇太后下诏说：“近来天象错乱，上天呈现变异，仰观这种变化，内心震惊忧惧。能因异招来休美，是自古之道，朕岂敢不留意尽心，以考虑适中的措施？另外三吴是心腹之地，如同股肱般的重要郡邑，可是水旱之灾并至，百姓失业，我日夜忧虑，不能忘怀，应该及时拯救抚恤，拯救他们的凋敝贫困。三吴的义兴、晋陵以及会稽等遭遇水灾特别厉害的县，完全免除一年的租税，其他的县允许免除半年的租税，受到赈济借贷的便赏赐给他们。”五月，蜀地人张育自称蜀王，率徒众围攻成都，派使自称藩屏之臣。七月，凉州地震，山崩塌。苻坚的将领邓羌进攻张育，将他消灭。八月，因要立皇后，权且停止民间婚嫁。九月二十九日，有彗星侵入天市座。十一月初二，天门的譙贼进攻郡邑，太守王匪战死，征西将军桓豁派军队讨伐平定了他。长城人钱步射、钱弘等人作乱，吴兴太守朱序将他们讨伐平定。二十六日，镇远将军右虔在垫江打败苻坚的将领姚苌。
宁康三年正月初五，大赦天下。五月初二，北中郎将、徐兖二州刺史、蓝田侯王坦之死。初十，以中军将军、扬州刺史桓冲为镇北将军、徐州刺史，镇守丹徒，尚书仆射谢安领任扬州刺史。八月二十日，立王氏为皇后，大赦天下，文武众官增位一等。九月，天子讲说《孝经》。十月初一，有日蚀。十二月十二，神兽门遭火灾。十三日，皇太子下诏说：“近日有日蚀变异，水旱不适，虽然竭力用心补救，但方法不全。现赐给贫穷的百姓每人五斛大米。”二十二日，天子亲自在中堂祭祀孔子，以颜回陪祀。
太元元年(376)正月初一，天子加冠冕，在太庙谒见。皇太后交还国政。初三，大赦天下，改变年号。初五，天子临朝听政。以征西大将军桓豁为征西大将军，领军将军郗忄音为镇军大将军，中军将军桓冲为车骑将军，加封尚书仆射谢安为中书监、录尚书事。二十三日，天子谒拜建平等四座皇帝陵。五月十四，地震。十五，下诏说：“近来上天显示征兆，谴责告戒之灾多次显现，朕内心忧惧，震惊。考虑到重议诉讼，宽缓死刑，赦免罪过，或许因此大有改变，会有新的开始。”于是大赦天下，文武百官各增爵位一等。六月，封河间王司马钦的儿子司马范之为章武王。七月，苻坚的将领苟苌攻陷凉州，俘虏了刺史张天锡，将凉州全部占领。初七，废除度量田亩收租的制度，王公以下每人交三斛税米，在役人员除外。十月，把淮北的流动人口迁移到淮南。十一月初一，有日蚀，下诏太官减省御膳。十二月，苻坚派他的将领苻洛进攻代地，捉住了代王涉翼犍。
太元二年正月，恢复已灭绝的宗祀，承续已断绝的后代，使功臣的后代继承祖业。三月，以兖州刺史朱序为南中郎将、梁州刺史、监沔中诸军，镇守襄阳。闰三月十九，地震。二十一日，刮暴风，刮断树木掀翻房屋。四月十六日，下冰雹。五月十四日，地震。六月某日，刮暴风，沙石飞扬。林邑进贡地方物产。七月某日，老人星出现。八月初一，车骑将军桓冲前来朝见。十六日，以尚书仆射谢安为司徒。二十五日，使持节，都督荆、梁、宁、益、交、广六州诸军事，荆州刺史，征西大将军桓豁死。十月十一日，以车骑将军桓冲都督荆、江、梁、益、宁、交、广七州诸军事、领护南蛮校尉、荆州刺史，尚书王蕴为徐州刺史，督江南晋陵诸军，征西司马谢玄为兖州刺史、广陵相，监江北诸军。十二日，散骑常侍、左光禄大夫、尚书令王彪之死。十二月初一，以尚书王劭为尚书仆射。
太元三年二月十七日，开始建造新宫，天子移居会稽王府邸。三月初七，下雷阵雨，刮暴风，折断树木，毁坏房屋。五月十三日，陈留王曹恢死。六月，发大水。七月二十五日，天子移居新建宫殿。二十九日，老人星在南方出现。
太元四年正月初八，大赦天下，遭遇水旱之灾的郡县减免租税。二十三日，天子祭拜建平等七座皇帝陵。二月，苻坚派他的儿子苻丕攻陷襄阳，捉住了南中郎将朱序。又攻陷顺阳。三月，流行大疾疫。初十，下诏说：“狡猾的敌寇骄纵淫逸，守臣倾覆，疆场之忧患，超过平时。内外各种官员，各自戮力同心，使众事康宁。又加上五谷不丰收，百姓多匮乏。诏令所供御用品，皆从俭约，九亲供给之物，众官的俸禄，权且减省一半。其他各种劳役费用，除非军国要事，都应停止或减省，以周济当前大事。”四月初一，派右将军毛武生率军队讨伐蜀地。本月苻坚的将领韦钟攻陷魏兴，太守吉挹战死。五月，苻坚的将领俱难、彭超攻陷盱眙，高密内史毛..之被贼兵活捉。六月，天大旱。初七，征虏将军谢玄与彭超、俱难在君川作战，大破敌军。八月初七，以左将军王蕴为尚书仆射。十五日，刮暴风，飞沙走石。九月，强盗杀死了建安太守傅湛。闰十二月初一，有日蚀。
太元五年正月二十八日，天子拜祭崇平陵。四月，天大旱。二十七日，赦免五年以下徒刑的人。五月，发大水。以司徒谢安为卫将军、仪同三司。六月初九，含章殿四根大柱被雷震毁，震死两名内侍。十九日，因连年饥荒，大赦天下，太元三年以前的陈旧租债都一并免除，那些鳏寡孤独年老不能养活自己的人，每人赐五斛大米。二十二日，以骠骑将军、琅王牙王司马道子为司徒。九月初十，皇后王氏死。十月，九真太守李逊占据交州造**。十一月十三日，将定皇后安葬在隆平陵。
太元六年正月，天子开始信奉佛教，在殿内设立佛教精舍，引荐佛教僧侣居住。二十六日，任尚书谢石为尚书仆射。开始设置督运御史官。六月初一日，有日蚀。扬州、荆州、江州发大水。三十日，修改制度，减省费用，裁减吏士官员七百人。七月初七，赦免五年以下徒刑的人。二十五日，交阝止太守杜王爰杀死李逊，交州平定。天下大饥。十一月初八，以镇军大将军郗忄音为司空。会稽人檀元之谋反，自称安东将军，镇军将军谢蔼征讨平定叛乱。十二月初八，苻坚派他的襄阳太守阎振攻竟陵，襄阳太守桓石虔征讨活捉阎振。
太元七年三月，林邑范熊派使进献地方物产。八月十一日，大赦天下。九月，东夷五国派使者前来进贡地方物产。苻坚的将领都贵焚烧沔北的稻谷，掳掠襄阳的百姓而去。十月十五日，天空雷鸣。
太元八年二月二十四日，黄色大雾弥漫。三月，始兴、南康、庐陵发大水，平地深五丈。二十八日，大赦天下。五月，辅国将军杨亮讨伐蜀地，攻下五城，活捉了苻坚的将领魏光。七月，鹰扬将军郭洽与苻坚的将领张崇在武当作战，大败敌军。八月，苻坚率领众兵渡过淮河，朝廷派征讨都督谢石、冠军将军谢玄、辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等进行抵抗。九月，下诏让司徒、琅王牙王司马道子录尚书六条事。十月，苻坚的弟弟苻融攻陷寿春。二十日，诸将与苻坚在淝水交战，大破敌军，俘虏斩首几万人，俘获了苻坚的车辇与云母车。十一月某日，诏卫将军谢安在金城慰劳凯旋的军队。二十七日，立陈留王的大儿子曹灵诞为陈留王。十二月十五日，因敌寇刚刚平定，大赦天下。以中军将军谢石为尚书令。撤销禁酒令。并开始增收百姓的税米，每人五石。从前句町王翟辽背叛苻坚，在河南举兵，慕容垂从邺地与翟辽会合，于是在洛阳进攻苻坚的儿子苻晖。仇池公杨世逃回陇右，派使称臣。
太元九年正月十六日，封武陵王的孙子司马宝为临川王。二月初四，立新宁王司马..的儿子司马遵为新宁王。正月二十七日，天子谒拜建平等四陵。龙骧将军刘牢之攻克谯城。车骑将军、刺史桓冲的部将郭宝进攻新城、魏兴、上庸三郡，招降了他们。二月二十七日，使持节，都督荆、江、梁、宁、益、交、广七州诸军事，车骑将军，荆州刺史桓冲死。慕容垂从洛阳与翟辽合攻苻坚邺地的儿子苻丕。三月，以卫将军谢安为太保。苻坚北地长史慕容泓、平阳太守慕容冲都起兵背叛苻坚。四月二十六，增置一百名太学生。封张天锡为西平公。派竟陵太守赵统进攻襄阳，攻克了。苻坚的将领姚苌背离苻坚，在北边起兵，自立为王，国号为秦。六月初一，崇德皇太后褚氏病死。慕容泓被他的叔父慕容冲杀死，慕容冲自称为皇太弟。七月十七日，派兼司空、高密王司马纯之修缮祭拜洛阳等五陵。二十八日，将康献皇后葬在崇平陵。百济派使者前来进贡地方物产。苻坚与慕容冲在郑西交战，苻坚的军队失败。八月二十七日，司空郗忄音死。九月十一日，前锋都督谢玄在鄄城进攻苻坚的将领兖州刺史张崇，战胜了他。十四日，加封太保谢安大都督扬、江、荆、司、豫、徐、兖、青、冀、幽、并、梁、益、雍、凉十五州诸军事。十月初一，有日蚀。初七，河间王司马昙之死。十五日，因天象违度，大赦天下。二十日，立从前新蔡王司马晃的弟弟司马崇为新蔡王。苻坚的青州刺史苻朗率领徒众来降。十二月，苻坚的将领吕光在河右代行皇帝职权，自号酒泉公。慕容冲在阿房僭位当皇帝。
太元十年正月十六日，天子拜祭诸陵。二月，建立国家学校。蜀郡太守任权把苻坚的益州刺史李平斩首，益州平定。三月，荥阳人郑燮率领该郡投降。苻坚国内动乱，派使臣奉表请求接应。龙骧将军刘牢之与慕容垂在黎阳作战，朝廷的军队大败。四月初九，刘牢之与沛郡太守周次跟慕容垂在五桥泽作战，朝廷的军队又大败。十五日，太保谢安率领众兵救援苻坚。五月，发大水。苻坚留太子苻宏守卫长安，自己逃奔到五将山。六月，苻宏来投降，慕容冲进入长安。七月，苻丕从枋头向西逃走，龙骧将军檀玄追赶他，被苻丕打败。大旱，闹饥荒。十二日，老人星出现。八月十九日，大赦天下。二十二日，使持节、侍中、中书监、大都督十五州诸军事、卫将军、太保谢安死。二十五日，以琅王牙王司马道子为都督中外诸军事。这个月，姚苌杀苻坚，僭位当皇帝。九月，吕光占据姑臧，自称为凉州刺史。苻丕在晋阳僭位为皇帝。十月十三日，论定淮河肥水战役的战功，追封谢安为庐陵郡公，封谢石为南康公，谢玄为康乐公，谢琰为望蔡公，桓伊为永修公，其余的人封赏拜爵各有差等。这一年，乞伏国仁自称为大单于、秦、河二州牧。
太元十一年正月二十八日，慕容垂在中山僭位为皇帝。二月十日，翟辽袭击黎阳，捉住了太守滕恬之。十三日，天子拜谒诸陵。慕容垂的将领许木末在长安杀死慕容冲。三月，大赦天下。太山太守张愿带该郡反叛，向翟辽投降。四月，任百济王的大儿子余辉为使持节、都督、镇东将军、百济王。代王拓拔王圭开始改称魏国。二十二日，以尚书仆射陆纳为尚书左仆射，谯王司马恬为尚书右仆射。六月九日，地震。二十日，任命前辅国将军杨亮为西戎校尉、雍州刺史，镇守护卫皇帝陵。八月初一，封孔靖之为奉圣亭侯，供奉宣尼祀。十八日，安平王司马邃之死。翟辽侵犯谯，龙骧将军朱序赶跑了他。十月，慕容垂在河东攻破苻丕，苻丕逃到东垣，扬威将军冯该攻击并将他斩首，把首级传到京都。十六日，海西公司马奕死。十一月，苻丕的将领苻登在陇东僭位当皇帝。
太元十二年正月初八，以豫州刺史朱序为青州、兖州刺史，镇守淮阴。三月十一日，大赦天下。十六日，刮暴风，毁坏房屋，吹折树木。二十二日，慕容垂侵犯河东，济北大守温详逃到彭城。翟辽派儿子翟钊侵犯陈、颍，朱序将他打跑了。四月三日，天子把夫人李氏尊为皇太妃。二十四日，下冰雹。高平人翟畅捉住太守徐含远，率该郡向翟辽投降。五月初八日，以束帛礼往聘处士戴逵、龚玄之。八月十八日，立皇子德宗为皇太子，大赦天下，文武臣增位一等，大宴享五日，赐给百官多少不等的布帛。九月二十五日，又任新宁王司马遵为武陵王，立梁王司马王逢的儿子司马和为梁王。十一月，松滋太守王遐之在洛口讨伐翟辽，将翟辽击败。
太元十三年四月二十九日，任青州、兖州刺史朱序为持节、都督雍、梁、沔中九郡诸军事，雍州刺史、谯王司马恬之为镇北将军、青、兖二州刺史。六月，大旱。乞伏国仁死，其弟乾归继承伪位，僭号为河南王。九月，翟辽的将领翟发侵犯襄阳，河南太守郭给拒敌并大破敌军。十二月初三，波涛进入石头城，毁坏大浮桥，淹死人。初十，刮大风，白天昏暗，延贤堂遭受火灾。十一日，螽斯则百堂、客馆、骠骑武库都遭火灾。十四日，加封尚书令谢石为卫将军、开府仪同三司。十五日，尚书令、卫将军、开府仪同三司谢石死。
太元十四年正月初八，诏令淮南所获交付制作兵器部门的俘虏一律遣散，男女各自相配，赐给他们百日的粮食。那些沦为军人奖赏的人全部赎出来，在襄阳、淮南的肥沃土地各立一县让他们居住。彭城贼将刘黎在皇丘僭位称皇帝，龙骧将军刘牢之将他平定。二月，扶南献上地方物产。吕光僭号为三河王。四月二十日，彭城王司马弘之死。翟辽侵犯荥阳，捉住了太守张卓。六月十九日，使持节、都督荆、益、宁三州诸军事、荆州刺史桓石虔死。七月初三，宣阳门的四根大柱失火。八月，姚苌偷袭击败苻登，俘虏了他的伪后毛氏。初五，汝南王司马义死。九月十九，任尚书左仆射陆纳为尚书令。十二月二十五日，下雨，树木结冰。
太元十五年正月二十六日，镇北将军、谯王司马恬之死。龙骧将军刘牢之与翟辽、张愿在太山交战，朝廷的军队失败。征虏将军朱序在太行攻破慕容永。二月初二，以中书令王恭为都督青、兖、幽、并、冀五州诸军事、前将军、青兖二州刺史。三月初一，地震。二十日，大赦天下。七月十一日，有彗星在北河星旁出现。八月，永嘉人李耽率兵反叛，太守刘怀之将他平定。十三日，京城地震。有彗星在北斗星上出现，冲犯紫微星座。沔中各郡以及兖州发大水。龙骧将军朱序在滑台进攻翟辽，翟辽大败，张愿前来投降。九月初一，以吴郡太守王王旬为尚书仆射。十二月十五日，地震。
太元十六年某月，改建太庙。六月，慕容永侵犯河南，太守杨亻全期打败敌军，十八日，章武王司马范之死。九月十四日，以尚书右仆射王王旬为尚书左仆射，以太子詹事谢琰为尚书右仆射。新太庙建成。十一月，姚苌在安定击败苻登。
太元十七年正月初一，大赦天下，免除往年的陈租旧债。四月，齐国内史蒋哲杀死乐安太守辟闾氵睿，占据青州造**，北平原太守辟闾浑讨伐平定叛乱。五月初一，有日蚀。六月初八，京城发生地震。十九日，洪水进入石头城，毁坏浮桥。永嘉郡的潮水涌起，靠近海边的四县死了很多人。二十日，刮大风，吹折树木。二十三日，梁王司马和死。慕容垂在黎阳袭击翟钊，将翟钊打败，翟钊逃奔慕容永。七月十二日，太白星白天出现。八月，新建东宫。十月初四，太白星白天出现。十八日，都督荆、益、宁三州诸军事、荆州刺史王忱死。十一月初十，任黄门郎殷仲堪为都督荆、益、梁三州诸军事、荆州刺史。二十七日，改封琅王牙王司马道子为会稽王，封皇子司马德文为琅王牙王。十二月二十七日，发生地震。这一年，从秋天起不下雨，一直到冬天。
太元十八年正月初一，发生地震。二月初四，又发生地震。三月，翟钊侵犯河南。六月初九，始兴、南康、庐陵发大水，水深五丈。七月，大旱。闰七月，贼人司马徽在马头山聚集党羽徒众，刘牢之派部将把他平定。八月二十八日，龙骧将军杨佺期在潼谷进攻氐帅杨佛嵩，将他打败。十二月，姚苌死，其子姚兴继承伪位。
太元十九年六月，追尊会稽王太妃郑氏为简文宣太后。七月，荆、徐二州发大水，毁坏秋天的庄稼，朝廷派使臣赈济抚恤。八月十六日，尊皇太妃李氏为皇太后，把她住的宫叫崇训宫。慕容垂在长子进攻慕容永，将他斩首。十月，慕容垂派他的儿子恶奴侵犯廪丘，东平太守韦简与慕容垂的将领尹国在平陆交战，韦简战死。这一年，苻登为姚兴所杀，苻登的太子苻崇逃到湟中，僭位称皇帝。
太元二十年二月，建造宣太后庙。初四，散骑常侍、光禄大夫、开府仪同三司、尚书令陆纳死。三月初一，有日蚀。六月，荆、徐二州发大水。十一月，魏王拓拔王圭在黍谷进攻慕容垂的儿子慕容宝，将他打败。
太元二十一年正月，建清暑殿。三月，慕容垂攻下平城。四月，新建永安宫。十四日，下冰雹。慕容垂死，他的儿子慕容宝继嗣伪位。五月十五日，任望蔡公谢琰为尚书左仆射。发大水。六月，吕光僭位当天子。九月二十日，天子死于清暑殿，享年三十五岁。安葬在隆平陵。孝武帝年幼时以聪明颖悟著称。简文帝死时，他才十岁，到傍晚不临丧，左右进谏，他回答说：“到悲伤时就哭，有什么常规？”谢安曾经感叹孝武帝的精于事理不减于先帝。权威建立以后，有人君的雅量，不久沉溺于酒色，几乎是长夜饮酒。到末年彗星出现，天子内心十分厌恶，在华林园举酒祷告说：“彗星，劝你一杯酒，自古以来哪里有活一万岁的天子呢？”太白星连年白日出现，地震和水旱之灾接连不断。酒醒之日甚少。而身旁又没有正直之人，最终不能改变。当时张贵人得宠，年近三十，天子戏弄她说：“你按年龄应该废弃了。”张贵人暗地里发怒，到了晚上，天子喝醉，于是暴死。当时司马道子昏庸糊涂，司马元显专权，竟然不追究罪人。当初，简文帝见到预言吉凶的文字上说：“晋朝的国运在昌明手中衰竭。”等到孝武帝还是胎儿时，李太后梦见神人对她说：“你生男孩，以‘昌明’为字。”等到他出生，东方刚亮，于是取“昌明”为字。简文帝后来明白了，便痛哭流泪。等到建清暑殿，有见识的人认为“清暑”的反切是“楚”字之音，意思是凄楚悲哀的征兆。不久天子死，晋朝的福祚国运从此倾颓了。
史臣曰：从前的史书称“没有废黜，君王怎么会兴起”，至若像神一样天姿卓越，光耀地继承帝位，跨越浓云而昂首阔步，渡过大河而能腾跃。少康仅有一旅军队，以此得了夏国王之位；成汤祇有七十之地，却振兴了帝王的大业；在河海溃泄以后能够治理好，在天象混乱以后能够补救；事情与此不同，那么原由也不同。简文帝以他清虚无为的资质，处在艰难的时世，政令由桓氏发出，本族之人无权势。太宗去世以后，宁康继承大业，上天感动其忠情，奸臣自行灭亡。于是西边超越剑岫而跨过灵山，北边渡过黄河而到达清澈的洛水；荆吴的战士，叱咤成云；有名的贤臣迭出，有德望的故老还在。谢安可以领导风雅之士与流俗之人，王彪之可以整治纲纪，桓冲的整日辛劳，谢玄的善于处理军事。当时上天眷顾，强悍的氐人泯减。五尺童子，挥袖到了长江，想要以此让旗帜飘扬到天山，在函谷据守雄关；但是法度纲纪没有流传，威严恩德少有建树，司马道子荒于朝政，国宝会集小人，拜授官爵的荣耀原本并不是天意，以刑狱腐败而得到的货财，进入权贵的家门，苛捐杂税一年年增加，困苦的百姓一年比一年多。所以闻人、许荣上书皇帝，烈宗知道他们坦率耿直，但是厌恶听到逆耳忠言，在上午尽情地喝得大醉，在夜晚频频举杯。虽然有“昌明”显梦，哪裹能听到神明的话语?可见晋王朝的衰败，也是人为，常言道“大国的政事还没有衰落，小国的祸乱已把国家搞垮”。适逢苻坚正处在厄运降临的时刻，抛弃肥水战败的人马，帝号谧为“武”，不也是很滑稽的吗!
赞曰：国君就像冠冕之旒，时运并不总是亨通。简皇帝清静无为，没有留下什么灾祸。孝武帝登上皇位，奸雄自然消失。燕之路途争道，郑叔分道扬镳。倡人来到了皇帝的筵席上，美酒由那些美女劝进。秋风不振，人事首先衰败。