黄干，字直卿，福州闽县人。父亲黄王禹，在高宗的时候担任监察御史，以行为诚实、正直守道而闻名。黄王禹死后，黄干去见清江县刘清之，刘清之对他的才能感到惊奇，说：“你是将来会成大器的人，现时的学问并不适合于你。”因此，令他去朱熹门下受业。黄干家法严格，于是把这个话告诉他的母亲，当天就去了朱熹那里。当时下大雪，到了后，朱熹因有其他的事而外出，黄干因此而留宿在客栈，睡觉起床都在一榻之上，不解衣而卧有两个月，而朱熹才回来。黄干自从见到朱熹后，晚上不设置床榻，不解衣带，稍疲倦就微坐片刻，一靠坐有时就到了早晨。朱熹告诉别人说“：黄直卿意志坚定，思想苦心积虑，与他相处，甚为有益。”曾经拜访东莱吕祖谦，把从朱熹那里学得或听到的问题请他对证质疑。到广汉人张木式死时，朱熹给黄干的书信上说“：我的道义学业更加孤单了，对你抱有的希望很大。”后来，就把自己的女儿嫁给他为妻。
宋宁宗即位之际，朱熹命黄干奉表上奏，补任将仕郎，铨选中后，授予迪功郎，监察台州酒务。服母丧期间，很多学者跟随他一起讲学于他母亲的墓旁。朱熹修建竹林精舍成后，写信给黄干，其中有“将来适当的时候便可请黄直卿代他担任讲席”的话。到编《礼书》的时候，独以《丧》、《祭》二编嘱咐黄干编写，书稿写成以后，朱熹看后高兴地说：“所定立的规模次第，缜密而有条理，它日当取所编写的家乡、邦国、王朝礼，全部仿照这个来更改定稿。”病重之际，朱熹把制服及所写的书授给黄干，手书诀别语说：“我的学术思想就托付在这里，我没有遗憾了。”听到讣告，黄干在心中悼念老师三年后，调任嘉兴府石门酒库监察。
当时韩..胄刚打算用兵北伐，吴猎被召令赴荆湖北路任将帅，将要赴任之前，以兵事访问黄干，黄干说“：听到人们议论说，现在天下想实施大举深入北伐的打算，果然这样做的话，一定失败。这样什么时候可以进取呢？”吴猎很敬重黄干的名义德行，请他担任荆湖北路安抚司激赏酒库兼准备差遣，事有未当之处，一定心怀忠心，努力力争。
江西提举常平赵希怿、知抚州高商老举荐他担任临川县令，当年天旱，他劝粜捕蝗极其用力。改任新淦知县，官吏百姓都知道他在临川的政绩，都高兴，不出令而政教行。因提举常平、郡太守推荐，擢升任监尚书六部门，没有上任，改差任安丰军通判。淮西帅司邀请黄干审讯和州狱事，狱事故意存疑而没有判决，黄干释放了囚犯的桎梏而给他饮食，委婉审问，没有所得。一天晚上，梦见井中有人，第二天召捕囚犯审讯他说：“你杀了人，投之于井中，我都知道了，你不要来欺骗我。”囚犯于是惊服，果然在废井底中寻到了尸体。
黄干不久担任汉阳军知军。正值那年歉收，买进外地的粮米，开常平仓以赈济。制置司下令，想移本军的粟米而禁止他们买入外地的粮食，黄干回答说请待黄干被罢职后再这样施行，到援引鄂州的先例，十分之一告籴于制司。荒政都施行得很有条理。其他附近州县的饥民都集中到汉阳军来，他同样优抚惠顾，到春暖花开的季节愿意回归的人送给他粮食，不愿意回去的人可做茅屋居住下来，民众因此感到很高兴。黄干所到之地重视兴办学校，优先教化。在汉阳军任职时，即在郡邑治所凤栖山修建学校，立馆收教四方之学士，修立周敦颐、程颐、游酢、朱熹四先生的祠庙。因病请求祠官，主管武夷冲佑观。
不久，黄干起任为安庆府知府，到任的时候，金人攻破光山县，而沿边地区多有敌兵入侵之报警。安庆离光山县不远，民众的情绪因此震惊、恐惧。于是请求朝廷，修筑安庆城池以备战守，没有等到回答，即日动工兴建。城分十二料，先自筑一料，计算其工费若干，然后委任官吏、寓公、士人分料主持承担。集役民兵五千人，每人役作九十天，而按照人户的产钱摊派承担丁役负担，通役二万人，每人服役十天。承担劳役的人轮流进行，暑月天热每月休息六天，每天中午休息一个时辰，到秋天就减少一半休息的时间。黄干每天五更鼓响的时候就上衙署坐堂，负责城壕的官吏至此听他的命令，按照一天的成算授给他们：某乡民若干为役，某乡人夫若干为役，分布给某人的料分，或搬运某处土木，应完成某料的使用；某料民兵、人夫应当更换一批，应给他们几天的钱米。都授命完毕，乃治理府事，受理民事诉讼，接待宾客，检阅士卒，会见僚属佐吏讲究边防利病，然后巡视城邑检查修城之役夫情况，晚上到书院讲论经典史籍。筑城用的杵，用钱监没有铸造的铁，事毕之后就归还仓库。城池完工的时候，恰逢上元日张灯，士民扶老携幼，往来不断。有一上百岁的老婆婆，二个儿子抬着她，许多孙子跟随她，到府衙致谢。黄干用礼仪接待她，命摆酒招待她，又用金帛酬劳她。老婆婆说“：老妇之来致谢，是为了一郡的生灵百姓来感谢知府，知府的赏赐并不是我所希望的。”没有接受就离开了。这一年天大旱，黄干祈祷立刻下雨，未下，早晨就登临郡城的楼阁，望飅山再拜，雨就下下来了。后二年，金人攻破黄州沙窝各个关隘，淮东、淮西都因此震惊，唯独安庆凭依城墙之险如故，泰然自若。接着下了一个多月的大雨，巨大的洪暴席卷而来，城邑屹然无虑。舒地一带的人都以为他德高望重，相互称道他说：“没有受到金寇的残暴掳掠，没有淹没于滔滔的洪水，挽救了我们的生命的人是黄父母官。”
制置使李珏召黄干担任参议官，再次推辞没有接受。接着朝廷命他与徐侨两次改易和州任官，又令他先赴制府禀告议论，黄干即日解印卸任急赴制府。和州民众每天盼望他来上任，说：“就是曾经被邀到我郡审问死囚、感梦于井中有尸的那个人，大概能为我们伸张冤屈了。”
先前，黄干写信给李珏说：“丞相诛杀韩世忠之后，为了防止意外的变故，专门使用左右亲信之人，往往得罪于天下的公议。世之君子于是从而归咎于丞相，丞相经不住其指责，断然驱逐而去，而左右亲信的小人办事更专断了。平常无事情，法纪纲常紊乱，不过州县之间，百姓受祸。至于军政不修，边地军备废弛，都是这些人所造成的，假若现在大兵压境，还不改革图强，就会大势已去。现在的急务，没有什么比这个更大了？”又说“：现在的决策，没有什么比得上用两淮的民众，吃两淮的粟米，守两淮的地方。然而其治策当先明了保伍，保伍明了，就为之建立堡寨，养蓄马匹，制造军器以资助其用途，不过几个月时间，军政即可成功。而且两淮的民众遭受丙寅年之祸危以后，现在听说金人迁徙汴京，没有谁不惊慌失措，有的有抛弃土地、房屋、携妻带子渡过长江的打算，其中也有些勇敢者，又打算伺机而发动叛乱。过去胡海、张军的变乱，其危害胜过了金兵，今天如果不早些为之打算，那么两淮就会一天天地更见荒凉，以致成为废墟，最后一旦遇有紧急情况，就会振臂激奋而起，生乱子。”李珏都不能够接受采用他的意见。
黄干到任制府，李珏往惟扬视察军队情况，黄干与他一起同行。黄干说：“敌人既已被打退，应当考虑奖赏那些有功的，惩罚有罪的人，崔惟扬能于清平山预先设置义寨，如断金人的右臂，方仪真能措置捍御，不致使军民仓惶奔逃，这两个人应当受到举荐。泗上之战大败，应该斩杀刘倬。某州官吏三人携家奔逃，应当追究治罪，然后上奏朝廷即行了。”这个时候，幕府书馆都是轻薄浮躁空虚的士大夫，官僚小吏士民有出谋划策献计的人，大多受到他们的毁谤抹杀，疏议反驳。将帅偏补，人心不附和，所做的不能建立功业。流民移徙的满布道路，而各机构衙署张罗宴会的没有哪一天空闲过。黄干知道不能与这样的人共事，就从惟扬而归，又辞掉和州知州的任命，仍然请求祠官，闭门谢客，从不参加宴会、舞乐。于是，又告诉李珏说：
“浮光之战退敌已有两个月，在安丰退敌已有一个月，盱眙也近二十天了，不知我所措置的是怎么一回事，我所施行的是什么防边之策？而边备松弛，又比以前更厉害了，日复一日，还满不在乎地不知道害怕，恐怕这个祸害又不只是今年春天了。
“过去，你轻信别人的话，进行泗水之役，丧失了军队上万人。优良的将帅，勇敢的士兵，精锐的军队，锐利的武器，不战而沦败于泗水，黄团的老幼男女，被俘虏而杀戮的五六千人，盱眙东西几百里，一下子变为废墟。安丰、浮光的事情，大概与这差不多。我的意思是，不论怎么说，一定须痛切地引咎自责，出宿于外，大戒于国，说：‘这是我的罪过，若有能够指出我的过失的，请速入谏。’每天与僚属及四方的贤士大夫讨论策画，以为后来打算。今回来有五天了，只是听说请总领、运使到玉麟堂欣赏牡丹，召用歌妓宴乐，又听说总领、运使宴赏也是一样的，只听说宴请僚属也是一样的。国人、将士听到这些，难道不痛心愤恨吗？况且，欣赏看到牡丹之红艳，难道不思虑边庭之流血；听到管弦的啁啾之声，难道不思考百姓老幼的哀号；看到楼房栋宇的富丽堂皇，难道不思虑士兵暴露于野的身影；看到饮食菜肴那样丰美，难道就不思虑流亡的民众忍饥挨冻的情形？敌国深入内侵，国内骚动不安，皇上食不甘味，听朝理政不快乐；大臣忧虑担心，不知良策所出。尚书难道就不早晚忧惧，而总是像这样轻松自如，无所事事吗？
“现在，金兵报浮光之仇的情形又快出现了，他们想以十六县的人众，于四月攻掠浮光，侵夺五关，暂且以一县有五千人参加，就应当有八万人来攻打浮光了，以一万人来割我们的麦子，以五万人来攻夺我们的关隘。我们守关的不过五六百人，岂能够抵挡万人之众呢？那么，关隘不可以防守是肯定的了。五关失守以后，那么蕲州、黄州决不可能保住；蕲州、黄州不能保住，那么，江南就危险了。尚书听到这个话已有几天，然而没有听说有什么施行的对策，不知为什么？”
其他的话，言辞都很激动，切中要害，李珏的同党、幕僚都很忌妒他，共同诋毁、排斥他。这以后，光州、黄州、蕲州相继失陷，果然像他所预料的那样。于是力求辞职而去，不断地请求祠官。
不久，黄干又一次被任命为安庆府知府，没有就职，到庐山拜访他的朋友李燔、陈宓，相与盘旋玉渊、三峡之间，俯仰拜谒老师到过的旧迹，宣讲《乾》、《坤》二卦于白鹿书院，庐山南北的士大夫们都会集于此。不久，被召赴朝廷上书奏事，任命为大理寺丞，没有接受任命，被御史大夫李楠所弹劾。
起初，黄干在荆湖北路幕府任职，奔走于各地关隘，与江、淮各地的豪杰交往，而豪杰往往愿意依附黄干。等到辅佐治理安丰、武安，诸将都诚心归附于他。后来辅佐治理建康，主管汉阳军，其名声日益显著。各位豪杰又深知黄干倜傥有谋略，来到安庆时，又兼任制置幕僚，长淮各地军民之心，全部一心倾向于他。这样的风声一传出，在权位上的人更加妒忌他，又担心黄干入见皇上时，一定直言相告边防的事情，以使皇上的心意感悟，至此，众多僚臣一起排挤他。
黄干于是回归乡里，学生日益增加，巴蜀、江浙、荆湖之士都有来投他的，编辑礼仪，著写书籍，每天没有闲暇，晚上与他们讲论经典，论说理义，勤勉不倦，借邻寺为住地，朝夕往来，质疑问难请求教益像朱熹讲学的时候一样。不久，任命他担任潮州知州，推辞没有赴任，差遣主管亳州明道宫，过了一个多月就请求辞官归居，诏令同意，特地授予他职为承议郎。死了几年以后，因为门人请求赐谥，又特地赠赐他为朝奉郎，给与他一个儿子为下州文学职，赐谥“文肃”。著作有《经解》、《文集》流行于世。