林栗字黄中，福州福清人。绍兴十二年(1142)考中进士，调任崇仁县尉、南安军教授。由于宰相陈康伯的举荐，林栗被任命为太学学正、太常博士。孝宗即位，林栗升任屯田员外郎、皇子恭王府直讲。
当时金人请求讲和，约定金宋为叔侄之国，并且请求归还疆土。林栗上封事说：“上次和议，实在是迫不得已。徽宗梓宫、慈宁行殿在金国，因此只好屈辱订立和议，犹有名目。今天的和议，我不知道有什么说法。宋金之间有宗庙之仇，反而以弟侄身份侍奉金人，怎能忍使祖宗闻说呢！失去唐州、邓州，则荆州、襄阳就会唇亡齿寒；割让泗州、海州，则淮东的防备退至真州、扬州，海上防备偏至明州、越州。有人认为与金人结盟所献岁币少，而养兵备敌的费用更多，不知道讲和之后，朝廷难道可以不养兵吗？现在东南地区百姓的承受能力，皇上是清楚的，朝廷怎么能不计较呢？况且不光是无益罢了。给予金人岁币，是畏怕金人。三军的情绪，怎么能不松懈；归正之人，怎会不怀有二心。为今日计，应当停止派遣使节，拖延时日。等到明年春天，没有动息，慢慢致书金朝，告诉两国间互相约束的言辞。金人自毁盟约，言不由衷，即使结盟也无益处。从现在开始应当坚守边界，让天下百姓休养生息，不烦使节往来，各自保证疆场无事，怎么用得着使州县疲于应付，侍奉使节呢！”
孝宗鉴于绍兴年间权臣擅权之弊，亲自独揽大权，不以职责任务给臣下，林栗说“：皇帝亲临权力，大臣审视权力，谏臣议论权力，王侯贵戚是扰乱权力的人，左右亲信是善于窃取权力的人。权在大臣，则大臣显赫；权在近臣，则近臣重要；权在谏官，则谏官权重。所以皇帝经常担心权力在大臣，必定想收回而独自掌握它，没有能独掌权力的人。不让大臣掌权，则王侯贵戚得到而控制权力；不让近臣审视权力，谏官议论政治，则皇帝左右亲信得到而议论它。皇帝原来认为得到权力而亲自执掌，难道不是错了吗？因此贤明的君主任大臣以事而不使他专权，使权力归于自己而不肯独持权柄、事必躬亲。”林栗上书中至有“以鹿为马，以鸡为鸾”的语句。林栗奉对时，当他读到“君主常担心权在臣下，一定想收揽而独自掌握它”，孝宗大声赞叹，林栗慢慢地说“：我的意思尚在下文。”执政官有人向孝宗哭诉：“林栗说我等指鹿为马，我实在不愿意与他同在朝廷任职。”于是孝宗让林栗离开京城，去江州任知州。
有旨省并江州屯驻大军，林栗上奏指出“：绍兴三十一年(1161)、隆兴二年(1164)，金人二次进犯两淮地区，幸亏依赖江州一军分开驻守防备，因此舒州、蕲州、黄州三州唯独没被金人入寇。本州上至鄂渚七百里，下距池阳五百里；平时屯驻戍守，好像没有益处，万一金人入侵，鄂渚戍守部队，上面越过荆州、襄阳，池阳之师，下游增加防备，中间千里藩篱，实在虚缺。请不要因为一人的建议，而废弃长江千里防线。”由于林栗的反对，江州屯驻大军没有被撤并。
林栗被朝廷以吏部员外郎召回。冬至，朝廷将在南郊祭天，此前十日，执事官听誓戒；会庆节，皇帝下旨祝寿不用乐，等到设宴招待金使，才有暂且用乐之命。林栗认为不可用乐，他致书宰相，意见没有被采纳，于是他请求辞去充任举册官之职，并上奏朝廷：“若听乐则应废斋，废斋则不敢行祭礼，祖宗二百年事天之礼，今日因一介行人而废弃。老天可怕，这远过于外夷。”朝廷没有采纳他的意见。
林栗兼任皇子庆王府直讲，有旨让二王不时延请讲读官，议论时政，希望能得到谋划的益处。林栗认为不妥，他上书说“：汉武帝为戾太子开设博望苑，最后使太子失败了；唐太宗为魏王李泰设立文学馆，最终使魏王失败。古人教导世子与我朝祖宗用来辅导太子、诸王办法相同，只以讲经读史为事，其他不介入。如若让他们议论时政，则是对着儿子议论父亲，古人认为是无礼，皇上不可不留意啊。”
林栗官拜右司员外郎，晋升为太常少卿。太庙祭享之制，始祖东向，昭南向，穆北向；别庙神主附于祖姑之下，随本室南北向而无东西向神位。绍兴、乾道年间，懿节、安穆二位皇后附祭，有关部门设幄西向。及至安恭皇后新附，有关部门继承前次失误，将神位朝西安放，几乎与舍祖神位相对。林栗予以辨别并加以纠正。
朝廷以林栗为直宝文阁，出任湖州知州。林栗进宫与皇帝告辞，他说：“我听说汉代人贾谊号为通晓国体，他上书皇帝至于痛哭流涕，考察他的意向，大致以人的一身比喻天下大势。他在上书中称‘：天下之势，正苦于脚肿。不仅足肿，又苦于足掌扭折。又类似腿瘤，并且患有风病。’臣每每听见士大夫喜好议论时事，我就拿贾谊的论述问他：今日国体，于四百零四种病中属什么病？能指出病名的还未必能开出处方，不能指出病因就开出治病处方，误人致死是必定的。听了我的话的人不是表示忿怒就是沉默寡言，也有人反过来问我，我立即对他说：今日之病，名叫风虚，它的症状为半身不遂。风在外，虚在内，真气在内亏耗，所以风邪自外乘机而入，侵入人体，人会马上倒地，这就是靖康之变。幸好元气仍然存在，所以倒下后就能再站起来，是为建炎中兴。然而元气虽然存在，邪气仍还旺盛，自淮河以北都是我大宋故土，而朝廷号令不能到达，帝王新颁布的历法不能施行。与半身不遂有什么不同呢？不光半身不遂，残剩的半身，也恐惧、畏怕风邪进入而不能自安。今日议论政事者，比如身体筋肉痿缩的人，不忘起行，哪里一定要是贤明智慧之士，然后与国家是同一愿望呢？而平凡庸人，口传耳授，如若想试一试所售方子，则洗涤针石，一起混入，这不是体虚的人轻易能接受的。听医生说：‘中风偏瘫，五十岁以下而气盛的人容易治愈。盖真气与邪气相匹敌，真气旺盛则邪气衰退，真气运行则邪气离去。真气不能充满半存之身，则不可能到达偏废躯体。所以要治愈这种病，必须禁止其有嗜好欲望，节制其思虑，珍惜其气血，保养其精神，使得半存之身，一天天充实，则阳气流遍全身，脉络流畅，将在不知不觉中丢掉拐杖而能步行。如若急于治好病而不考虑本身的情况，百毒入口，五脏受风，风邪旺盛而不能驱除，而所存真气一天天在消耗，所以一再中风者大多不能抢救。’愚臣有感于此言，私下以为贾谊再生，对皇帝进言，也离不开这些。”
林栗被任命为兴化军知军，又调至南剑，再拜官夔州路提点刑狱，改任夔州知州，加官直敷文阁。夔州有一属郡叫施州，羁糜郡叫思州。施州豪民谭汝翼，与思州知州田汝弼相互不和，等到田汝弼逝世，谭汝翼带领二千士兵趁丧攻伐。田汝弼之子田祖周领兵深入内地予以报复，战争在三州境内进行，施州、黔州大为震动。谭汝翼再次修缮铠甲和兵器，计算丁壮，用重金向各少数部族借兵，又向帅府请求援兵。林栗说“：谭汝翼其实是导致战乱的人。”他传达命令停止用兵，选派属员前往，暂时掌管兵权，以此慢慢收回谭汝翼的兵权。下令兵马钤辖出巡检阅各州，密令到达施州，暂止代理知州。谭汝翼没有觉察，不久才仓皇逃往成都。事情传至朝廷，孝宗亲自写信给林栗及成都制置使陈岘说“：田氏是羁糜州郡，谭氏乃是夔州路豪族，又首先挑起事端，安抚使司不能镇压，纵容他们发展到这样的地步。如果他们仍不悔改，不妨用兵，铲除首恶。”当时谭汝翼在成都，听到消息后逃回家乡，调家丁并征发八砦义军，列阵于沱河桥与官军作战，谭汝翼被打败后逃走，俘虏四十三人，缴获铠甲器仗三万一千件。林栗挑出九名罪大恶极者处斩。田祖周因此害怕，与他的母亲冉氏合谋献出黔江田业，以钱九十万缗赎罪，少数部族边界地区于是安定。
不久谭汝翼入京状告林栗接受田氏贿赂，皇帝下诏以谭汝翼为属吏，省札下达夔州。林栗亲自起草奏状缴还省札，并为自己辩护。皇帝大怒，幸好近臣中有人从中解救，不久林栗以身为帅臣，擅自抵制皇帝命令获罪，降级罢官归家。事后大理寺追查究问，事情被弄清楚了，宽免谭汝翼死罪，拘禁于绍兴府。
没过多久，皇帝下诏称林栗多次变更职务，清高耿直有声望，复官直宝文阁、广南西路转运判官，就地改任提点刑狱，后来又改任潭州知州。林栗官拜秘阁修撰，晋升为集英殿修撰、隆兴府知府。皇帝在便殿召见林栗，林栗上奏乞请仿唐制设置左右补阙、左右拾遗各一名，不以纠察弹劾为职责。皇帝采纳了他的建议。林栗被任命为兵部侍郎。朱熹以江西提点刑狱之职召回朝廷任兵部郎官，他进入京城后，却没有去上任。林栗曾与朱熹相见，议论《易》与《西铭》意见不一。至此，林栗派遣属吏催促朱熹上任，朱熹以脚病请假。林栗于是上奏：“朱熹本无学术，只是窃取张载、程颐学说之残余，为轻浮放荡宗主，叫作道学，妄自推尊。每到一处则率门生数十人，依照春秋战国时士人之态势，妄自希求孔子、孟子历次受聘之风采，若绳之以治世之法，则他可被视为乱人之首。今日朝廷慕其虚名，让他入朝奏事，将他安排在朝廷任职，逐渐加以使用。而朱熹得到诏令之初，在道途中拖延时日，邀君索讨高价，门生更替为他游说，政府准许谏官风闻弹劾，他这才进入京城。经过皇帝召见，得到旨令，拜为郎官，立即心怀不满，倨傲旁视，目空一切已多日，不肯就职，这难道是张载、程颐之学教他这样？因为朱熹已被任命为兵部郎官，微臣应当统管，若不加以弹劾，其罪过是相同的。望将朱熹停职罢官，暂且令他反省，以为事君无礼者之戒。”
皇帝认为林栗言过其实，而大臣畏怕林栗强暴，不敢深入争论。太常博士叶适独自上封事与林栗辩论说“：考察林栗之言，始末对照，没有一处属实。其中‘叫作道学’一语，严重失实，过去小人残害忠良，大多有所指名，或者以为爱好虚名，或者以为标新立异，或者以为培植党羽。近来忽然创立道学之目，郑丙首唱，陈贾附和，官居要职者暗中相互传授，见到士大夫稍稍致力于洁身自好，粗略能坚持操守，就以道学之名强加于他，几乎如吃菜事魔，影迹犯败之类。往日王淮使台谏官员互为呼应，阴谋废除正直君子，用的就是这种手段。林栗为侍从官，不能传达陛下之德意、志向与忧虑，反而继承郑丙、陈贾暗地相传授之学说，以道学为大罪。搜罗他人言语，构织罪状，赶走一个朱熹固然没有什么害处，只是恐怕从此游辞无实，谗言横生，善良受害，无所不有！愿陛下严正纪纲，杜绝欺罔，摧毁抑制横暴，以扶持善类，奋发刚断以安抚公论。”于是侍御史胡晋臣弹劾林栗，林栗被罢免，离朝任泉州知州，又改任明州知州。嗣后任宫观之职直至去世，谥号“简肃”。
林栗为人倔强耿直有才华，而性急不能受委屈，想发泄私忿，以致攻击诋毁名儒，废绝师教，几乎与郑丙、陈贾、何澹、刘德秀、刘三杰、胡..等结党残害正直君子者同列。即使早年论事，雄辩可观，也不足以掩盖晚年的错误。