黄潜善，字茂和，邵武人。考中进士，宣和初年，任左司郎。陕西、河东大地震，山陵峡谷都变了位置，徽宗命令黄潜善去察访灾情，于是他就去视察。黄潜善回京后，不报告实情，只说是地震而已。他被提拔为户部侍郎，因事获罪被贬到亳州，以徽猷阁待制的身份为河间知府。
靖康初年，金人攻打宋朝，康王设大元帅府，用文书召黄潜善率兵去支援。张邦昌当伪楚皇帝后，黄潜善到大元帅府告诉康王，康王秉承皇帝旨意任命黄潜善为副元帅。
靖康二年(1127)，高宗即位，任命黄潜善为中书侍郎。当时皇上顺从民心，提升李纲为右相，李纲将上奏驱逐黄潜善和汪伯彦，被右丞吕好问制止。不久，黄潜善被任命为右仆射兼中书侍郎，李纲被罢相。御史张所说黄潜善奸邪，恐怕有害新政，结果张所被降为尚书郎，不久被贬到江州。太学生陈东认为李纲不可罢去，黄潜善、汪伯彦不可任用。黄潜善怀恨在心。正巧欧阳澈上书诋毁时政，言语侵犯了后宫，皇上认为他的话不符事实，黄潜善乘机提出杀欧阳澈和陈东，他们二人被杀后，认识和不认识的，都为他们流泪，皇上也后悔。
第二年，金人攻打陕西，京东、山东盗贼兴起，黄潜善、汪伯彦不把这些报告给皇上，张遇烧真州，距高宗驻地六十里，内侍邵成章上疏说黄潜善、汪伯彦误国，邵成章因此获罪被除名。御史马伸也因弹劾黄潜善、汪伯彦而获罪，被贬为监濮州酒税，他在途中去世。
黄潜善任左仆射兼门下侍郎。郓、濮二州相继陷没，宿、泗二州屡来警报，右丞许景衡认为皇上的扈卫单弱，请皇上躲避敌人，黄潜善认为不值得忧虑，率领同僚听僧人克勤说法。不久泗州奏报金人将到，皇上大惊，决定南下。皇上的御舟已备好，黄潜善、汪伯彦正在一起吃饭，堂吏大声喊：“皇上出发了。”他俩互相看着仓皇策马南奔。京城人争着出城门，死者相连，没有不怨愤的。正好司农卿黄锷来到江上，军士听说姓黄就以为是黄潜善，争相列举他的罪状，挥刀向前，黄锷正在申辩，但头已落下。
皇上渡过瓜洲，到达镇江，敌兵紧随在后。黄潜善、汪伯彦一起上疏说在艰难的时候，不敢请求退职。中丞张澄弹劾他，黄潜善被罢为观文殿大学士、江宁知府，贬职居住在衡州。郑珏又论奏黄潜善、汪伯彦都误国，黄潜善的罪恶占多数，王庭秀接着也这样说，黄潜善被贬责到英州安置。谏官袁植请求在都市斩黄潜善，皇上不许。不久，黄潜善在梅州去世。
黄潜善把持国政，陷害忠良。李纲被罢黜，张芀、宗泽、许景衡等相继被贬死，台谏官一旦上言，随后就被诬陷惹祸，中外十分愤恨。高宗末年有诏旨，对黄潜善、余深、薛昂都给以恢复官职、录用后代的恩惠。谏官凌哲上书说余深、薛昂朋附蔡京，黄潜善专权误国，现在恢复他三人的恩惠，恐怕政刑失去公平，忠义之人解体。皇上下诏认为黄潜善曾任副元帅，特别给以官复原职，录用一个儿子的待遇。