侯深，神武尖山人。为人机警，颇有胆略。孝明帝末年，六镇因饥饿发生变乱，他跟随杜洛周向南进犯。后来与妻兄念贤一起背叛杜洛周，归顺..朱荣。他们在途中遇到强盗抢劫，只披了块褐色的布遮挡身子。..朱荣送给他衣服帽子，很优厚地对待他，任命他为中军副都督。孝庄帝即位，封他为厌次县子。他跟随..朱荣讨伐葛荣，在滏口大战，立功最多，被朝廷命为燕州刺史。
这时，葛荣的别帅韩楼、郝长等人率兵屯据在蓟城，..朱荣命他进攻韩楼，给他的人马却很少。有人替他说话，嫌人马太少，..朱荣却说：“随机应变，是侯深的特长。如果让他带很多人去，未必能用得上。”所以，只给他七百兵马。侯深故意虚张声势，率领数百骑兵深入韩楼占领的区域，离蓟城百多里，遇上贼帅陈周率马步两军一万多人，侯深把敌人打得大败，俘虏敌兵五千多人。然后将缴获的马匹武器又归还给他们，放他们回蓟城，左右的人都劝阻他，他说“：我们的人数少，不可以以力相拼，事情需要设法离间敌人。”他估计放回的敌兵已回到蓟城，便率领骑兵连夜进发，早晨叩打城门。韩楼果然怀疑降卒要作内应，便弃城逃走，侯深纵兵追赶，将他擒拿。因立功被赐爵为侯，不久被任命为平州刺史，镇守范阳。
..朱荣被杀，太守卢文伟引诱侯深出外打猎，然后关闭城门，不让他进城。他率领部曲家丁驻扎在南郊，为..朱荣举丧致哀，然后率兵向南进发。孝庄帝派东莱王元贵平为大使，慰劳燕、蓟一带的军队。侯深诈降，元贵平相信了他。他便将贵平抓获。军队进至中山，行台仆射魏兰根向他进攻，被他打败。东海王元晔即位，授予侯深仪同三司、定州刺史、左军大都督、渔阳郡公。节闵帝即位，又加封他为开府。后来，他随..朱兆在广阿与高欢对垒，..朱兆败走。侯深投降高欢，后来与高欢一起在韩陵打败..朱氏。
永熙初年，他被任命为齐州刺史。孝武帝末年，他与兖州刺史樊子鹄、青州刺史、东莱王元贵平之间，书信和使者不断往来，互相联络。他又派人向高欢表示忠诚。孝武帝西入长安，他对魏室仍存希望。汝阳王元暹任齐州刺史，侯深不按时迎纳他进城内，城里的人刘桃符等偷偷将元暹领进城，占据了城的西部。侯深争夺，不能获胜，率领骑兵出逃。他的妻子儿女和家丁都被元暹俘获。
行至广里，适逢接到皇帝的圣旨，命侯深管理青州政务。高欢也给他送来书信，说：“你不要认为自己军队的数量少，难于向东前进。齐人人情淡薄，齐州人还能迎接汝阳王元暹，青州人难道不能打开城门等待你吗？”侯深又回来，元暹才归还他的家丁。而元贵平认为自己是斛斯椿一党，也不让他代替。侯深袭击高阳郡，克复了城池，把家属和家丁都安置在城中，亲自率领精锐骑兵，夜晚驰向青州，城内的人抓住元贵平开城投降。侯深思虑自己多次反复，怕不能得到平安，便杀了元贵平，将他的头颅传示邺地，标明自己不是斛斯椿一党。
樊子鹄被平定后，朝廷下诏命封延之为青州刺史。侯深没有得到州牧的任职，心里恐慌害怕，行至广川，便抢劫光州的仓库造反。他派骑兵到平原，抓住前胶州刺史贾璐，夜晚袭击青州南面的外部，劫去前任廷尉卿崔光韶以迷惑人心，又攻掠其他州县。他的部将纷纷背叛了他，他便投奔南梁。行至南青州境内，被卖饭的人杀死，首级传示邺城，家里的其他人都被流放。