元祯是干的儿子。他胆量过人。太武帝时，担任司卫监。从征蠕蠕时，突然遇到敌人的别部人马，兵力悬殊。元祯就让部下在山上解鞍放马，以示有伏兵。敌人果然起了疑心而退避。孝文帝初年，赐爵为沛郡公，后任南豫州刺史。大胡山的蛮人经常出来抢掠，前任的刺史大多采取笼络的办法而已。祯便召来新蔡、襄城的蛮人首领，让他们参观射箭。他先挑选身边善于射箭的二十多人，祯自己先射，连射几箭，箭箭命中目标，然后让左右依次射箭。他又预先放出一位犯有死罪的囚徒，让他参加射箭，没能射中，祯当即责骂他然后斩首。蛮人的头目都非常佩服他的箭术，害怕他的威严，相互看着双腿战栗。他又预先让人从牢里取出十名死囚罪犯，让他们都穿上蛮族人的衣裳，说成是出来抢掠的贼徒。祯便坐在那里，假装抬头望天，见略有风吹动时，元祯就对蛮人说：“风气有些暴烈，似乎有抄掠的贼人入境，人数不超过十人，应当是在西南五十多里路的地方。”他当即命令骑兵前去追捕，果然缚回来十个人。元祯便对群蛮们说“：你们乡里有人这样作贼，是否应该死？”蛮人等都叩头说“：合该万死！”元祯立即将他们斩首。于是，他又安慰了蛮人一番，送他们回去，从此以后，境内再也没有人敢出来抢劫掠夺了。淮南人相继前来归附的有三千多家，元祯把他们安置在城东面的汝水旁，把这里命名为归义坊。
起初，豫州城里有个豪强名叫胡丘生，他多次和外面的贼人勾结。当元祯任刺史时，胡丘生曾经犯法获罪，因而怀恨在心，图谋不轨。他假称办婚事召集了城里人，告诉他们说：“刺史想把城中大户人家迁走，送到代州去。”他们合谋叛乱。城中人石道起把这件事秘密报告了元祯，让他立即逮捕丘生和那些同谋的人。元祯说：“我不负人，人为什么背叛我？只是因为受胡丘生欺骗而失误。如果立即把他们都抓起来，大家一定会大惊。我暂且安静地等待，不久一定有人会自己来表示悔恨和归服的。”话还没有说完，城里有三百人自缚前来州衙门前，陈述胡丘生造谣欺骗的罪状。这时胡丘生单骑出逃，元祯放过大家并不追究。后来朝廷召他任都牧尚书。死后，追赠侍中、仪同三司，谥为“简公”。他有八个儿子。